Οι πτήσεις από Θεσσαλονίκη (SKG) προς Σαντορίνη (JTR) είναι από τις πιο δημοφιλείς εσωτερικές διαδρομές. Η διάρκεια είναι περίπου 55 λεπτά. Οι τιμές διαφέρουν ανά εποχή: Ιούλιος–Αύγουστος είναι υψηλότερες, ενώ Μάιος, αρχές Ιουνίου και Σεπτέμβριος συνήθως είναι φθηνότεροι. Aegean, Ryanair και Sky Express εκτελούν καθημερινές πτήσεις. Προτείνεται κράτηση 4–6 εβδομάδες νωρίτερα για καλοκαιρινές ημερομηνίες.